发表论文分子对接什么意思

发表论文分子对接什么意思

分子对接方法的两大课题是分子之间的空间识别和能量识别。空间匹配是分子间发生相互作用的基础，能量匹配是分子间保持稳定结合的基础。对于几何匹配的计算，通常采用格点计算、片断生长等方法，能量计算则使用模拟退火、遗传算法等方法。

各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。

1、刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。

2、半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化，但通常会固定大分子的构像，另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广泛的对接方法之一。

3、柔性对接：柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。

扩展资料：

主要分子对接软件

1、DOCK

Dock应用半柔性对接方法，固定小分子的键长和键角，将小分子配体拆分成若干刚性片断，根据受体表面的几何性质，将小分子的刚性片断重新组合，进行构像搜索。

在能量计算方面，Dock考虑了静电相互作用、范德华力等非键相互作用，在进行构像搜索的过程中搜索体系势能面。最终软件以能量评分和原子接触罚分之和作为对接结果的评价依据。

2、AutoDock

AutoDock应用半柔性对接方法，允许小分子的构像发生变化，以结合自由能作为评价对接结果的依据。自从AutoDock3.0版本以后，对能量的优化采用拉马克遗传算法(LGA)，LGA将遗传算法与局部搜索方法相结合，以遗传算法迅速搜索势能面，用局部搜索方法对势能面进行精细的优化。

各种分子对接方法对体系均有一定的简化，根据简化的程度和方式，可以将分子对接方法分为三类。

刚性对接：刚性对接方法在计算过程中，参与对接的分子构像不发生变化，仅改变分子的空间位置与姿态，刚性对接方法的简化程度最高，计算量相对较小，适合于处理大分子之间的对接。

半柔性对接：半柔性对接方法允许对接过程中小分子构像发生一定程度的变化，但通常会固定大分子的构像，另外小分子构像的调整也可能受到一定程度的限制，如固定某些非关键部位的键长、键角等，半柔性对接方法兼顾计算量与模型的预测能力，是应用比较广泛的对接方法之一。

柔性对接：柔性对接方法在对接过程中允许研究体系的构像发生自由变化，由于变量随着体系的原子数呈几何级数增长，因此柔性对接方法的计算量非常大，消耗计算机时很多，适合精确考察分子间识别情况。

扩展资料

分子对接这一想法的历史可以追溯到19世纪提出的受体学说，Fisher提出的受体学说认为，药物与体内的蛋白质大分子即受体会发生类似钥匙与锁的识别关系，这种识别关系主要依赖两者的空间匹配。

随着受体学说的发展，人们对生理活性分子与生物分子的相互作用有了更加深刻的认识，从基于空间匹配的刚性模型逐渐发展成为基于空间匹配和能量匹配的柔性模型。模型的优化使通过计算模拟分子间相互作用的设想更容易实现。

另一方面，计算机和计算科学的迅速发展又使得人们能够处理大量数据，这两方面的因素共同促成了分子对接方法的出现。

早期的分子对接方法用分子力学方法或者量子化学方法计算小分子之间分子识别，在一些分子模拟软件包中也含有分子对接的模块。但是由于算法和计算机处理能力的限制，早期的对接方法较难处理含有大分子的分子对接过程。

1995年由Accelrys公司开发的计算化学软件Affinity上市，这是第一个可以进行有大分子参与的商业化分子对接软件，此后，商业化和免费的分子对接软件层出不穷。

应用中的分子对接软件涵盖了刚性对接、半柔性对接、柔性对接等各种对接方法，在能量优化方面则使用了人工神经网络、遗传算法、模拟退火、禁忌搜索、局部搜索等各种方法，分子对接方法是研究小分子与大分子相互作用模式、生物大分子间识别、分子自组装、超分子结构等课题的常用方法之一。

发表论文分子对接

2001年国内在药物设计和分子模拟领域取得的主要进展和成就。总的说来，三维定量构效关系方面的工作较多，并且与实验紧密结合；分子模拟领域的工作相对水平较高，既有方法方面的研究，也有在具体体系中的应用；而由于知识产权方面的原因，目前基于结构的药物设计与虚拟筛选等方面的工作发表较少。 关键词：三维定量构效关系，分子动力学，基于结构的药物设计，分子对接 计算机模拟已经成为继实验、理论之后的第三种研究手段，在科学的各个领域都得到了广泛的应用，并且发展迅速。药物设计与分子模拟也是如此，其总体趋势是计算精度越来越高，与实验结合日趋紧密。近年来，国内药物设计与分子模拟研究工作取得了长足的进展，其中，定量构效关系在药物研究中的应用广泛，已成为药物结构改造的一个有力工具；分子模拟研究发展较快，计算的方法多样化，模拟的时间、空间尺度也越来越接近真实体系，取得了一些水平较高的成果。 一、定量构效关系 定量构效关系是最早发展起来的一种分子设计方法，一旦确定已知的化合物的生物活性与其结构之间的定量关系，研究者就可以依据这一关系对化合物结构进行改造，以获得更高的活性。3D-QSAR（尤其是比较分子力场分析方法）由于其预测能力强，模型形象、直观，已成为最常用的药物设计方法之一。 噻唑烷二酮和芳酮酸类等PPAR激动剂，能够增强胰岛素与其受体结合的信号传导，促进脂肪代谢。利用比较分子力场分析方法对这两类化合物进行了三维定量构效关系研究，揭示了芳酮酸类化合物比噻唑烷二酮类化合物活性更高的原因，并推测PPAR与这一类化合物结合时，活性位点的形状可能和与罗咯列酮结合时不一样[1]。 双叔丁基苯基杂环化合物是COX-2的抑制剂，具有抗炎作用。对三类含双叔丁基苯基杂环化合物进行三维定量构效关系研究，在三种可能的叠合模型中，选择了交叉验证结果最好的一种。研究结果表明：静电作用对化合物的活性贡献稍大于范德华作用；增加杂环的正电荷，可以提高化合物的活性[2]。 采用比较分子力场分析方法对1－咪唑基苯并二氮杂卓（草头卓）类法尼基蛋白转移酶抑制剂进行研究，发现在苯并二氮杂卓（草头卓）中的苯环上增加取代基的体积会使化合物活性降低，在咪唑环上增大取代基的体积能够提高化合物的活性[3]。 吡里酮类化合物是一类很有药用前途的抗炎镇痛剂，利用计算机辅助药物设计专家系统（Apex-3D）研究了5,6－二芳基取代吡里酮类化合物的抗炎活性与其分子结构之间的定量关系。研究表明：化合物的活性与吡里酮环的1位取代基的电荷密度正相关，而与分子的疏水性负相关[4]。 采用比较分子力场分析方法分析了一组－羟基丁烯羟酸内酯类内皮激素拮抗剂的结构活性关系。在计算中，除考察静电场和立体场之外，还引入了氢键场。结果表明，引入氢键场可以明显地改善计算结果。另外，还分别考察了格点距离以及探针原子类型对计算结果的影响[5]。 采用一系列几何结构参数以及由ClogP软件计算得到的logP值作为结构参数，对21个钾离子通道开放剂进行了定量构效关系研究。研究结果表明，氢键受体原子与疏水部分中心距离HA-Hy，以及芳环中心垂线和芳环中心与疏水部分中心连线的夹角对动脉舒张活性影响较显著[6]。 利用CATALYST软件得到了酪氨酸激酶抑制剂的三维药效基团模型，所研究的两类化合物具有完全不同的骨架，但其药效基团相似，说明两者的结合模式相似。这两类化合物的药效基团包括一个氢键受体，一个氢键给体，一个脂肪类疏水团和一个芳香类疏水团。在此基础上，进行了三维构效关系研究[7]。 以黄酮为模板，对一系列黄酮类化合物进行了定量构效关系研究及从头算研究。根据CoMFA, CoMSIA和HQSAR分析以及静电势计算结果，提出了合理的药效基团模型，并提出了一种黄酮类化合物与GABAA受体结合的模型[8]。 二、基于结构的药物设计 基于结构的药物设计是寻找新结构的药物先导化合物的方法之一，国内运用基于结构的药物设计方法发现活性化合物的例子也越来越多，不过，因为知识产权等方面的原因，这方面的论文发表较少，因此本文仅能介绍方法的发展。 在对已知抑制剂与磷脂酶A2的复合物晶体结构的分析的基础上，设计了新的抑制剂，并利用SCORE程序对其生物活性进行了预测。随后进行了化学合成及药理测试，结果表明设计的两种化合物都有一定的活性，并且实验值与SCORE的预测值具有对应关系[9]。 利用同源模建方法、序列进化踪迹分析，研究了蛋白质前提加工酶furin/kexin与水蛭抑制剂（eglin C）突变体的相互作用模式，阐明了furin/kexin各个亚类的底物/抑制剂的共性和差异性。在此基础上，利用界面再设计策略进行了furin/kexin抑制剂的理性再设计[10]。 对DycoBlock(Dynamically Assembling Molecular Building Block)方法进行了改进，主要包括利用结合能和溶剂可及性表面积(SASA)对DycoBlock产生的分子进行筛选，并发展了一个基于分子相似性的分类方法。利用COX-2及其选择性抑制剂SC-558对其方法进行了测试，重现晶体结构的比率由以前的16.7%上升到58.8%[11]。在DycoBlock的基础上发展了F-DycoBlock，在进行多拷贝随机分子动力学的过程中，一方面考虑小分子配体柔性，同时考虑小分子配体的平均场对大分子的影响，因而还可以考虑蛋白质的柔性。利用COX-2以及HIV-1蛋白水解酶两个体系对其进行了测试[12]。 三、分子模拟 分子模拟通过对生物大分子的结构和动力学行为的模拟，为阐明其结构、生物功能提供了丰富的信息。一般来说，这些信息用实验方法获取是比较困难的，因此，分子模拟已成为研究生物大分子结构和功能的一种重要手段。 Threading方法对于根据同源性比较低的模板蛋白预测目标蛋白三维结构已经取得一定的成功，但仍难以处理那些模板蛋白以及目标蛋白三维结构相似，而二级结构在序列中的顺序不一致的情况。研究发现预先对目标序列中的交错的二级结构片段作适当的调整，可以显著地提高Threading方法的预测能力[13]。 利用蒙特卡罗方法对蛇毒神经毒素的八种不同Loop III序列在自由态以及与短链神经毒素埃拉布毒素b（Erabutoxin b）结合状态的构象性质进行研究，发现远程作用确实对蛋白质表面的Loop区的构象及稳定性有影响，而近程作用只是提供候选的构象，还须经过远程作用的过滤[14]。 BLIP是目前效果最好的TEM-1-内酰氨酶的蛋白类抑制剂，它的结构域1中的一个转角结构B1可以与TEM-1-内酰氨酶的活性部位结合，从而抑制其活性。利用圆二色谱、傅立叶红外光谱和核磁共振谱研究了B1在磷酸盐缓冲溶液中的构象，结果表明，B1在溶液中形成了转角结构 [15]。 采用分子动力学方法对猪胰岛素二聚体进行模拟，并利用连续介质模型有限差分方法计算二聚体的静电势，利用溶剂可及性表面分析二聚体的疏水性，还考察了不同的PH值对二聚体的静电作用和疏水作用的影响。分析表明，在弱酸弱碱条件下，二聚体的静电作用和疏水作用比较有利；在PH值为6.2时，二聚体的疏水作用最佳[16]。 利用分子动力学方法对喜树碱进行构象搜寻，并利用AM1，PM3以及ab initio方法对与晶体结构比较接近的构象进行优化。ab initio方法优化得到的结构与晶体结构更接近，喜树碱E环内酯部分形成了分子内氢键，使其内酯键反应活性提高，使其易受水的影响开环而失去活性。研究还表明，喜树碱在与TopoI-DNA复合物作用时，要破坏分子内氢键，能量补偿较大[17, 18]。 采用快速退火进化算法对氨基酸与-环糊精的结合进行了模拟。对14种包合物的结合常数与作用能的线性回归分析表明，两者之间存在非常好的相关性。通过对作用能进行分析，发现范德华作用起主要作用。对不同手性的氨基酸与-环糊精的作用能进行了比较，解释了-环糊精的手性选择性[19]。 利用自由能微扰方法计算了两种hydroxamate类的抑制剂和MMP-3的相对结合自由能。自由能计算采用了慢增长和固定窗口增长两种方法，并且都采用了双向采样策略。计算得到的结合自由能与实验值吻合得很好，同时从动力学模拟的轨迹分析了抑制剂与MMP-3之间的重要相互作用[20]。 通过同源模建方法得到了枯草杆菌（Bacillus subtilis）色氨酸tRNA合成酶的三维结构，分析结果表明合成酶的二级结构含有16个螺旋和5个折叠，唯一的色氨酸Trp92位于两个亚基的界面上。另外，还对配基结合位点、活性位点以及与tRNATrp可能的结合方式进行了预测[21]。 蛋白质的折叠是一个自由能驱动的过程，天然的蛋白质构象处于一个热力学的低能量态。基于蛋白质结构域是折叠单位的设想，蛋白质结构域作为一个独立的折叠单元，应该不仅在结构上相对致密，而且在能量上也应该相对稳定。因此，用折叠自由能来划分结构域更为合理。利用去折叠自由能的方法对50种不同的双结构域蛋白质进行了结构域分析，大多数划分结果与文献一致；少数结果虽然与文献不一致，但去折叠自由能方法的划分结果可能更合理[22]。 采用布朗动力学对蝎毒Lq2与钾离子通道的结合进行模拟，蝎毒的三维结构取自NMR实验测定的22个结构，结果表明只有4个结构能够以高概率和较好的静电作用与钾离子通道结合。对上述4种结构进行三联体接触分析，构建了复合物的三维结构模型，并确定了Lq2与钾离子通道之间的主要相互作用[23]。 采用同源模建和分子动力学方法，模建了memapsin 2蛋白水解酶的三维结构。memapsin 2蛋白水解酶的活性部位为一个富含-折叠的结构域所支撑，活性部位通过一段螺旋与该结构域连接。-发夹结构中的Tyr132是天冬氨酸蛋白水解酶的共同特征。分析表明，虽然M2蛋白水解酶的结构比较独特，但仍属于天冬氨酸蛋白水解酶超家族[24]。 四、数据库与虚拟筛选 如果已经掌握了足够的有关靶标以及与靶标结合的化合物的信息，针对大的化合物数据库的虚拟筛选非常具有吸引力，并可作为一种与高通量筛选互为补充的寻找先导化合物的方法。最近，在超级计算机上对Kuntz发展的DOCK程序进行了并行化，大大加快了数据库筛选的速度。采用这种方法，从商用的化合物数据库以及中国天然产物数据库中找到了一系列对钾离子通道，-分泌酶以及PPAR等靶标具有生物活性的化合物。但由于要申请专利，结果还没有发表 一个包含范德华作用、金属配位作用、氢键作用、去溶剂化作用以及小分子构象变化等项的打分函数SCORE，被用于评价DOCK4找到的小分子与蛋白质的结合构象。用两者结合得到的程序SCOREDOCK对200个蛋白－配体复合物进行测试，发现SCORE能够明显地提高DOCK计算精度[25]。 通过Fortran PowerStation和Visual C++混合编程，将在DOS下运行的、用于研究分子结构和生物活性关系的计算机辅助筛选生物活性化合物软件（Computer-Aided Screening bioActive Compounds, CASAC）移植到Windows系统[26]。 基于XML（eXtensible Markup Language）,构建了海洋天然产物数据库，目前数据库中包含了大约11000种海洋天然化合物的分子结构及其生物来源、生物活性、药效、物理化学参数和参考文献等信息。与XML的集成有利于该数据库的管理、查询、Web发布、数据交换以及未来的扩展，目前已具备Web检索的功能[27, 28]。 提出了一种将遗传算法与随机搜寻相结合的分子对接算法，并采取分步考虑形状互补和能量最优的策略。对随机选取的8个复合物结构测试结果表明：计算所得构象及取向与晶体结构接近，大部分情况下，最小的均方根偏差小于1.0[29]。 5,6-二芳基取代吡里酮类化合物是一类新型的抗炎镇痛剂，利用分子对接方法研究了这一类化合物的作用机理。从分子对接结果来看，ZZ-122与COX-2结合的比较好，静电作用和范德华作用都是负值，范德华作用是主要作用；而与COX-1结合构象严重扭曲，两者之间存在强烈的范德华斥力。这一结果表明，该类化合物可能是比较好的COX-2选择性抑制剂[30]。

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焊接大专毕业论文提纲 以铝合金点焊为例： 第一部分：文献综述。 主要介绍焊接国内外发展现状，并能从中发现问题，提出问题，在哪些领域仍有技术问题，然后说明你做的研究主要就是用以解决这方面的问题的。 铝合金表面有硬度高熔点高的氧化物，点焊存在一定难度，质量难以保证。因而铝合金的焊接质量在线监测十分重要。 第二部分：论文正文。 质量监测主要有以下几种方式：焊接电压、电流，电极位移，电极压力，焊接声音，焊接热循环等等。 如何采集以上参数呢？首先需要传感器。以上各参数需要不同的传感器。数据采集使用单片机或者数据采集卡（你设计一个单片机采集程序或者数据采集卡的接口电路就足够一个毕业论文了）。 下一步对采集的数据进行分析整理。从采集来的数据中提取点焊缺陷信息，例如喷溅，未熔合等。 第三部分：结论。 对你的工作给出总结，对问题的解决情况加以说明。最后，致谢。 对于专科毕业设计，整个过程中提取一小部分，就足够一个学生的工作量。

提要 在焊接过程中，热源沿焊件移动时，焊件上某点温度随时间变化的过程称为焊接热循环，它是描述焊接过程中热源对母材金属的热作用。焊缝及近缝区金属组织的变化和应力的产生取决于母材金属的化学成分和焊接过程中的热循环特点。 表明焊接热循环的参数主要有加热速度、加热峰值温度、相变温度以上停留时间及冷却速度，这些因素都会影响焊后组织和性能。因此，焊接热循环的测试与分析计算具有重要的实际意义，是分析焊接接头组织性能变化及焊接缺陷生成机理的有效途径，并可通过改进焊接工艺，改善热循环过程，以达到提高焊接质量的目的。 如果焊接热循环能够实现计算机模拟仿真，我们就可以通过计算机系统来确定焊接各种结构和材料时的最佳设计、最佳工艺方法和焊接参数。本文从这一点出发，在总结前人的工作基础上，通过具体的试验并结合数值计算的方法，在对焊接过程产生的温度场进行了二维和三维模拟仿真研究的基础上，提出了基于ANSYS软件的焊接温度场、焊接热循环的模拟仿真分析方法，并针对Q235平板堆焊问题和16MnR钢焊接进行了实例计算，计算结果与试验值基本吻合。最后在模拟仿真基础上，结合焊接CCT图进行了组织预测分析。 关键词：焊接热循环 温度场 有限元 ANSYS 仿真 目录 提要I Abstract II 目录III 第一章 序 言 1 1.1 课题意义 1 1.2 本课题的国内外动态 3 1.2.1 数值模拟仿真技术在焊接中的应用 3 1.2.2 焊接热分析的研究进展 6 1.2.3 存在的一些问题 7 1.2.4 目前研究的焦点和方向 8 1.3 本论文的主要工作 10 第二章 有限元法与有限元软件 11 2. 1 有限元法 11 2.1.1 有限元法的发展历史 12 2.1.2 有限元方法介绍 12 2.1.3 典型分析步骤 13 2.2 通用有限元分析软件 15 2.3 有限元软件ANSYS介绍 18 2.3.1 ANSYS的功能 19 2.3.2 ANSYS的特点 19 2.3.3 软件的结构 20 第三章 焊接过程有限元理论 23 3.1 焊接过程有限元分析的特点 23 3.2 焊接有限元模型的简化 24 3.3 焊接温度场的分析理论 26 3.3.1 焊接传热的基本形式 26 转自：毕业论文网

发表粘接论文什么意思

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《粘接》（Adhesion in China）是经国家新闻出版总署批准，面向全球发行的胶粘剂行业核心期刊（月刊）。由中国胶粘剂工业协会、湖北回天胶业股份有限公司联合主办。《粘接》于1979年试刊，1980年正式创刊，至今已过而立之年。是中国科技核心期刊、中国科技论文统计用刊、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、万方数据资源系统数字化期刊、美国CA摘录刊物以及《中国化工文摘》收录刊物。《粘接》的办刊宗旨是：理论与实践结合，研发与应用并重。既注重胶粘剂的研究开发、粘接理论的探讨，又注重粘接技术在生产各领域的实际应用，还特别重视行业新闻、资讯报道及企业家先进经营理念宣传。旨在从理论、实践两个方面推动粘接技术的发展、提高，从经营、管理两个重点促进化工企业的创新、进取。《粘接》面向美国、日本、德国、英国、法国、意大利、加拿大、西班牙、俄罗斯、巴西、印度、韩国等全球18个国家和地区公开发行。累计发行30大卷180期，单行本发行量近200万册。经过30年的发展沉淀，杂志已经获得广泛的国际认同。如今的《粘接》锐意改革、几经改版，涵盖面得到扩展，我们关注环球粘接行业动态、把脉世界化工行业趋势、介绍最新商品资讯行情、挖掘贤德掌门兴业秘诀、直击业内重大活动报道等等，可谓紧贴行业，大气磅礴。《粘接》的读者对象主要有：从事胶粘剂研发、粘接理论研究的科技人员、胶粘剂原材料采购人员，企业家、主管科技官员、化学专业大学师生，胶粘剂生产厂商的技术人员，各生产行业中使用胶粘剂和粘接维修的技术人员等。《粘接》创刊30年来，得到了徐僖、卓仁喜、龚辈凡等30多位专家倾力支持，还聘请了德、日、韩等国专家担纲编委，形成了“院士+专家+学者”的强大参谋阵容，他们一道倾力，保证了杂志的学术权威性。使得杂志的国际影响力日益扩大。党和国家领导同志对杂志社的发展非常关心。原国务院副总理吴仪欣然为《粘接》题词“争创一流学术刊物”，勉励编辑部员工不断学习，提高办刊水平。“立足中国，辐射世界”，《粘接》人决心潜心办刊，砺剑百年！

投稿论文一般就是指需要在期刊上发表的，与学位论文不同，一般篇幅、写作方式和研究范围都会比学位论文小，不需要长篇大论，比较精炼的。需要发论文的，Q我吧“支￥付%宝”交易哦

投稿论文相对学位论文简单的多，不过现在基本上都得付费，很少有不付费的

论文接受发表什么意思

1.现在学术的都是需要花钱上了。而一般的报纸杂志都是您的东西得到这些报纸杂志的认可，被录用后，会有一定的稿费。1. 学术论文一般都是评职称用的；普通报纸杂志上有文章发表可能对那些职称啥的也有一定的帮助，但是评职称什么的基本都需要一些学术性质的论文。3.普通报纸杂志是在大众社会普遍流传，而学术论文其实就是在一定的圈子内流传。很多人会买报纸杂志回家看，学术论文大概只有需要的人才会去理解和走进。(*^__^*) 嘻嘻……。个人观点。

学术论文被接受了，不一定会发表你这一口人，他发表的一些内容，你们用了你的东西，不一定是全编发表你的东西

学术论文被接受了，不一定就发表说明你这个学术论文还是有一定的学术价值的，如果需要发表可能需要你再修改。