生信构建预后模型投稿期刊

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Circulating Protein Biomarkers for Use in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Identification 循环蛋白生物标志物在胰管腺癌鉴定中的用途 发表期刊：Clin Cancer Res 发表日期：2021 Mar 18 影响因子：10.107 DOI:  10.1158/1078-0432.CCR-20-4215 一、研究背景 胰管腺癌（PDAC）是一种不乐观的疾病，只有不到10%的患者在确诊后存活5年。PDAC目前是癌症相关死亡的第四大原因，但预计到2030年将成为第二大原因。PDAC的症状最初是模糊的，80%的患者被诊断为晚期。因此，在肿瘤仍有可能治愈的早期阶段检测PDAC至关重要。 炎症是癌症的标志，也是PDAC的已知危险因素。慢性胰腺炎常与PDAC同时存在。此外，PDAC的一个特殊标志是肿瘤中由细胞和非细胞成分组成的致密的脱细胞基质。 二、材料与方法     1   数据来源 5个不同群体的985份血清样本：1) 701名PDAC I-IV期患者，2) 26名慢性胰腺炎患者，3) 38名IPMN患者，4) 38名良性胰腺疾病患者，5) 180名健康献血者。   2   分析流程 1）测定血清中CA19-9的水平 2）使用Olink Proteomics公司的Proseek多重免疫肿瘤学检测法，对血清样品进行92种蛋白质的分析（基于PEA技术） 3）生信分析   3   两位生物信息学家的独立分析 第一种方法：1）主成分分析；2）模型生成：第一步探索在逻辑弹性网（LASSO和Ridge）回归模型中作为预测因子的完整差异表达蛋白集的性能和稳定性，第二步是通过评估蛋白质标志在发现和复制队列中的表现，从第一步中找到表现最好的蛋白质标志；3）ROC曲线评价模型性能；4）Bootstrapped评估参数：使用2000个分层引导复制的95%置信区间对所有评价参数（AUC、灵敏度、特异性、PPV和NPV）的稳健性进行研究。 第二种方法：排除了3名患者；1）主成分分析；2）在发现队列中测试了七个模型建立策略，目的是将CA19-9纳入分析中，因此选择了在PDAC与非PDAC上训练的LASSO-正则化逻辑回归模型；3）使用glmnet R包对LASSO模型进行训练。 三、结果展示 01 - 差异化表达的血清蛋白 测定了Olink免疫肿瘤面板中的92种蛋白质和CA19-9在PDAC患者和非PDAC个体之间的差异表达（所有非恶性胰腺疾病患者和健康个体）。与非PDAC个体相比，PDAC患者78种蛋白质的NPX值有显著差异。三种蛋白质（CA19-9、IL8和MMP7）的NPX值也有超过log2倍的变化。图1中给出了说明P值和log2FC变化之间关系的火山图。 02 - 诊断性血清蛋白特征：指数I，及敏感性分析 第一种统计方法确定了19个候选蛋白标志模型，用于分离PDAC患者和非PDAC个体。这19个签名的蛋白质数量不断减少，并由此增加了所含蛋白质组成的稳定性。在19个候选蛋白模型中，包括9个蛋白的签名+CA19-9(命名为指数I)在AUC、灵敏度、阳性预测值(PPV)、所含蛋白的稳定性和蛋白数量方面被认为是表现最好的。 指数I由以下蛋白质组成：T细胞表面糖蛋白CD4(CD4)、细胞毒性和调节性T细胞分子(CRTAM)、Fas配体(FASLG)、IL8、IL10、单核细胞趋化蛋白3(MCP-3)、MMP-7、TNF相关凋亡诱导配体(TRAIL)、VEGFC和CA19-9。 与非PDAC个体相比，PDAC患者中大部分蛋白的表达量更高。然而，对于FASLG、TRAIL和VEGFC，与非PDAC个体相比，在PDAC患者中发现了较低的蛋白表达。在发现队列中的指数I，比较PDAC所有阶段与非PDAC个体，给出的AUC为0.93，敏感性为0.86，特异性为0.85，PPV为0.93。在复制队列中，所有阶段的PDAC与非PDAC个体的AUC为0.92，敏感性为0.95，特异性为0.76，PPV为0.90。 在发现队列和复制队列中对每个签名进行了评估，以确定其将PDAC I/II期和III/IV期患者与非PDAC个体分开的能力。在发现队列和复制队列的训练和测试集中对模型进行了训练和测试，这样就得到了AUC为0.92和复制队列中的0.96。当将PDAC患者与健康个体单独比较时，发现和复制队列中AUC为0.99和0.99。PDAC患者与非恶性胰腺疾病合并患者相比，在发现和复制队列中给出的AUC值为0.85和0.80。 图2A-C显示了所有PDAC患者与所有非PDAC个体(A)相比，以及PDAC患者按阶段划分的两组：I/II期(B)和III/IV期(C) 03 - 诊断性血清蛋白特征：指数II，及敏感性分析 在第二种统计方法中，模型的训练是通过重复500次的交叉验证步骤进行的。在这个过程中，23个蛋白+ CA19-9的回归系数（权重）始终大于零，从而形成第二个签名，指定为指数II。 当比较PDAC患者与非PDAC个体时，指数II在发现队列中给出的AUC为0.96，灵敏度为0.87，特异性为0.91，PPV为0.96。在复制队列中，PDAC患者与非PDAC个体给出的AUC为0.93，敏感性为0.91，特异性为0.81，PPV为0.92（图2，底部）。 当根据阶段分成两组（I/II和III/IV）时，PDAC与非PDAC相比，在复制队列中给出的AUC值为0.90（PDAC阶段I/II与非PDAC个体）和0.95（PDAC阶段III/IV与非PDAC个体）。将PDAC患者与健康个体单独比较，在发现和复制队列中，AUC值分别为0.996（95% CI，0.994-0.999）和0.998。PDAC患者与非恶性胰腺疾病合并患者相比，在发现和复制队列中分别给出了0.89和0.84的AUC值。 图2D-F给出了所有PDAC患者与所有非PDAC个体相比（D），以及PDAC患者按阶段分为两组：I/II期（E）和III/IV期（F）的ROC曲线与相应的指数II的AUC值。 04 - 两个指数的比较 指数I中包含的所有9种蛋白+ CA19-9也在指数II中被发现（见补充图S2）。当按照对模型的贡献权重(回归系数)对指数Ⅱ中的蛋白质进行排序时，指数Ⅰ中包含的9种蛋白质中的6种(MMP-7、TRAIL、FASLG、VEGFC、CD4和IL10)，以及CA19-9都在指数Ⅱ中排名前10位。从指数II中对模型贡献权重最大的15种蛋白质排名来看，指数I中的9种蛋白质中，有8种蛋白质+ CA19-9也在其中。指数I中的所有蛋白质都在指数II中表现最好的16个蛋白质中（补充图S3）。 图3显示了箱形图，说明了各蛋白和CA19-9在指数I和指数II中按诊断分层的差异表达。 当将CA19-9排除在分析之外时，指数导致指数I中发现和复制队列的AUC为0.90和0.88，指数II中发现和复制队列的AUC为0.94和0.89（补充图S4）。 05 - 慢性胰腺炎和IPMN患者后来发展为PDAC的患者 随访期间仅1例慢性胰腺炎和1例IPMN患者被诊断为PDAC。慢性胰腺炎和IPMN患者的中位随访期为4.4年。这两名患者在纳入BIOPAC研究后分别诊断为35个月（慢性胰腺炎患者）和14个月（IPMN患者）。慢性胰腺炎患者的NPX值高于PDAC患者的中位，其指标包括CCL20、CXCL1、FASLG（以下）、TRAIL（以下）和VEGFC（以下）。对于FASLG、TRAIL和VEGFC，PDAC患者的NPX值中位数低于非PDAC患者，慢性胰腺炎患者的NPX值低于PDAC患者的中位数。 IPMN患者的NPX值高于PDAC患者的中位数，这些指标包括：CCL23、CCL3、CD4、CD40L、IL10、IL33、MIC-A/B和PD-L2。 四、结论 作者开发了两种用于诊断PDAC的循环蛋白签名：一种是9种蛋白+碳水化合物抗原19-9（CA19-9），一种是23种蛋白+CA19-9。这些特征可将PDAC患者与非恶性胰腺疾病患者和健康献血者对照组区分开来。这些特征有可能改善PDAC的诊断工作，并导致在疾病的早期阶段进行诊断，使切除率增加，从而提高PDAC患者的生存率。

非常抱歉，您遇到的问题可能是由于数据质量、特征选择、模型选择等多方面原因导致的。生信预后模型构建需要进行多个步骤，包括数据预处理、特征选择、模型训练和评估等。首先，您需要确保数据的质量和完整性，包括数据清洗、去除异常值、填补缺失值等。其次，您需要进行特征选择，选择与预后相关的特征，可以使用统计学方法或机器学习方法进行特征选择。然后，您需要选择合适的模型进行训练和评估，可以使用传统的统计学方法或机器学习方法，如逻辑回归、随机森林、支持向量机等。最后，您需要对模型进行评估，包括准确率、召回率、F1值等指标。如果您遇到了困难，可以寻求专业人士的帮助，例如生物信息学家、数据科学家等。

纯生信预后模型投稿期刊

有很多网友想看好发的低分的对纯生信友好的期刊，现在总结一下： 1、Med Sci Monitor 影响因子：1.918 审稿周期：1个月左右（ 审稿周期非常短，审稿速度极快 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：*（ 极容易 ） 在在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上： 预警等级：中 2、Bioengineered 影响因子： 审稿周期： 1-2个月（审稿周期较短 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：*（ 极容易 ） 不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上 3、BIOSCIENCE REPORTS 影响因子：2.942 审稿周期：2-5个月不等（ 审稿周期不稳定 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：*（ 比较容易 ） 在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上： 预警等级：中 4、Medicine 影响因子：1.552 审稿周期：半年左右（ 审稿周期偏长 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：*（ 容易到爆 ） 在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上： 预警等级：高 5、PeerJ 影响因子：2.38 审稿周期：2-3个月左右（ 审稿周期偏短 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：*（ 比较容易 ） 不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上

昨天分享了一些会接收纯生信的 2区SCI期刊 ，然后在微信公众号后台有粉丝留言想看对纯生信友好的 3区SCI期刊 ，现在我就整理一些对纯生信友好的3区SCI期刊。 对纯生信友好的3区SCI期刊： 1、Frontiers in Oncology 影响因子：4.8 审稿周期：2-4个月不等（ 审稿周期偏短 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：**（ 相对比较容易，现在需要补一个PCR或者WB比较好发，完全纯的主编不感兴趣了 ） 不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上 2、Aging-US 影响因子：4.8 审稿周期：4-8个月不等（ 审稿周期比较长 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：**（ 比较容易，基本上阳性结果好的都接收 ） 在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上： 预警等级：中 3、International Journal of Molecular Sciences 影响因子：4.5 审稿周期：1个月左右（ 审稿周期非常短，审稿速度快 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：****（ 相对比较难 ） 不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上 4、JOURNAL OF CELLULAR BIOCHEMISTRY 影响因子：4.2 审稿周期：2-3个月（ 审稿周期偏短 ） 非OA期刊：不需要收取版面费 难度：***（ 有点偏难 ） 在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上： 预警等级：高 5、Cancer Cell International 影响因子：4.1 审稿周期：5-8个月左右（ 审稿周期较长，审稿速度较慢 ） OA期刊：需要收取版面费 难度：**（ 相对比较容易 ） 不在中科院《国际期刊预警名单（试行）》名单（ 2021年1月发布版）上

预测模型英文投稿期刊

期刊名称：Acta Mathematica Scientia(English Series)曾用刊名：数学物理学报(英文版);Acta Mathematica Scientia主办单位：中国科学院武汉物理与数学研究所期刊名称：Acta Mathematica Sinica主办单位：中国科学院应用数学研究所期刊名称：Acta Mathematicae Applicatae Sinica曾用刊名：应用数学学报(英文版)主办单位：中国科学院应用数学研究所;中国数学会期刊名称：Applied Mathematics and Mechanics(English Edition)曾用刊名：应用数学和力学(英文版);Applied Mathematics and Mechanics主办单位：上海大学期刊名称：Applied Mathematics:A Journal of Chinese Universities(Series B)曾用刊名：高校应用数学学报B辑(英文版);Applied Mathematics:A Journal of Chinese Universities主办单位：浙江大学期刊名称：Chinese Annals of Mathematics,Series B曾用刊名：数学年刊B辑(英文版);Chinese Annals of Mathematics主办单位：复旦大学期刊名称：Communications in Mathematical Research曾用刊名：数学研究通讯(英文版);东北数学(英文版);东北数学;Northeastern Mathematical Journal主办单位：吉林大学期刊名称：Journal of Computational Mathematics曾用刊名：计算数学(英文版)主办单位：中国科学院数学与系统科学研究院期刊名称：Journal of Systems Science & Complexity曾用刊名：系统科学与数学(英文版);系统科学与复杂性学报(英文版);Systems Science and Mathematical Sciences;Journal of Systems Science and Complexity主办单位：中国科学院系统科学研究院期刊名称：数学季刊(英文版)曾用刊名：数学季刊主办单位：河南大学全英文的数学期刊不多的

能发。

对一个医生来说，如果能提前预知患者是否会发生某种未知结局，那么临床工作会变得顺利很多，比如：

如果能够提前预测某恶性肿瘤患者对某种化疗药物耐药，那么就能提前避免使用该药物。

如果能够预测某个患者术中可能发生大出血，在手术前将准备的更加充分。

临床预测模型作为风险与获益评估的量化工具，可为医生、患者以及卫生行政人员的决策提供更为客观、准确的信息。也正因如此，临床预测模型相关的文章，往往能发表在较高分的SCI期刊中。

科学引文索引

《科学引文索引》（Science Citation Index,简称SCI）美国科学信息研究所（ISI）的尤金·加菲尔德（Eugene Garfield）于1957年在美国费城创办的引文数据库。SCI（科学引文索引）、EI（工程索引）、ISTP（科技会议录索引）是世界著名的三大科技文献检索系统，是国际公认的进行科学统计与科学评价的主要检索工具。

2020年2月，教育部、科技部印发了《关于规范高等学校SCI论文相关指标使用树立正确评价导向的若干意见》，该文件要破除论文“SCI至上”，也要以此为突破口，拿出针对性强、操作性强的实招硬招，破除“唯论文”，树立正确的评价导向。

期刊预投稿推荐信模板

投稿分两种情况，1、直接过去投，2、网投。1、直接过去投对于本校的或者本地的杂志，记得一定要直接过去投。因为这样方便登记，可以减少编辑从网上下载下来慢慢登记的过程。呵呵，有些粗心的编辑说不定会把你的文章给漏掉。去登记的时候，带上三份稿件和电子版。一份便于编辑送出去审稿，一份给编辑保留，一份问编辑哪些需要修改以此表示你投稿的诚意。电子版最好用U盘拷来，邮箱有一份，防止出现意外。记得带上审稿费啊。（论文的格式和需要注意的地方，以后给大家再讲）。现在的杂志一般审稿至少都三个月，因为送给那些教授专家审稿，那些人都是一些大忙人，就算编辑催上几十次，也要三个月，如果不催一年也有可能。2、网投如果是网投，记得不要仅仅发一篇文章给编辑，什么都不说。这样他们会觉得你搞学术都忘了礼貌了。因为每天编辑都会收到几十封甚至几百封投稿邮件。：）发这样的笑脸蛮有用的，他们会觉得你亲切，说不定很快把你的论文下载下来跟你联系。编辑如果不把你的文章下载下来，你的文章就会石沉大海。这次由于我们学校邮箱系统出现问题，也导致我们各个编辑部的几百封投稿都弄丢了。记得一定要留你的联系方式，手机，座机，QQ，地址，邮编等一切可能的联系方式。当编辑跟你联系后，记得要记下他的联系方式，按照编辑的方式汇款，记得经常打电话询问你需要做什么样的修改。增刊一般学校都不承认。核心期刊的增刊一般都算是非核心期刊处理，具体的还要询问导师。研究生答辩前，如果是核心期刊，需要录用通知就行了；如果是非核心的，需要见刊。一般情况下，核心期刊每期的杂志安排都很超前，如果你需要投稿的话，记得要提前半年的时间，因为审稿还有三个月。除非你有关系或者你导师有关系，这个属于例外。投非核心的就找一个名声好一点都杂志投，这样不给导师丢脸，发表起来容易很多，审稿时候一般比较短，因为他们的稿源不多。一个月左右差不多都可以发表了。

投稿信的重要性查尔斯沃思论文润色编辑认为投稿信是非常重要的，尽管在线提交文章的系统盛行，但投稿信可以告诉杂志及其编辑为什么他们应该考虑你的文章。这是特别重要的，因为当初审编辑在筛选你的论文时，就此决定是否在同行评审环节中寻找特定的专家，所以期刊欢迎增加对你研究的简要总结。 以下是论文润色编辑对如何撰写投稿信的一些建议： 始终检查期刊的撰写人笔记 - 许多期刊都有模板或具体建议他们期望您包括什么。简要说明：尽量将您的信件保存在一页，除非有特殊原因需要添加更多详细信息。重要的是要简洁。 查尔斯沃思论文语言润色编辑告诉你投稿信一定要包括以下内容： ●您的完整联系方式●写信给具体的期刊编辑，或写“亲爱的编辑”。表明你知道编辑的名字是一个好的征兆，你提交之前评估的日记。（不要使用称呼“亲爱的先生”，特别是因为许多编辑是女性！）●在标题开头，日志范围以及您的文章为什么相关。这是至关重要的，因为它会“标记”到期刊，无论您的文章是否在期刊的宗旨和范围内。●描述你的方法和研究结果目的是让编辑知道为什么你的研究是新颖的。●简要说明主要结果和结论。●如果期刊政策允许或可以自己邀请，那么您还可以为您的论文推荐潜在审稿人的详细信息。请务必检查审稿人的详细信息是否正确和有效。●确保您的论文没有提交到另一个杂志 - 一般的“规则”是期刊不考虑正在接受其他期刊审查的论文。 来自SPIE（spie.org）的一个有用的模板在下面粘贴，可能有助于指导您遵循的主要标准： [YourName][YourAffiliation][YourAddress][Date]Dear Dr. [Editor name],I/We wish to submit a new manuscriptentitled “[title of article]” for consideration by the [journal name].I/We confirm that this work is original andhas not been published elsewhere nor is it currently under consideration forpublication elsewhere.In this paper, I/we report on _______. Thisis significant because __________. Thepaper should be of interest to readers in the areas of __________.[Please explain in your own words thesignificance and novelty of the work, the problem that is being addressed, andwhy the manuscript belongs in this journal. Do not simply insert your abstractinto your cover letter! Briefly describe the research you are reporting in yourpaper, why it is important, and why you think the readership of the journalwould be interested in it.]Please address all correspondenceconcerning this manuscript to me at [email address].Thank you for your consideration of thismanuscript.Sincerely,[Yourname] 参考：查尔斯沃思论文润色小贴士

邮件开头称谓要使用敬称，基本的邮件礼仪。正文部分简单介绍自己及希望投稿至什么栏目。简单介绍自己的作品，并以附件形式上传。邮件结尾留下自己的姓名、联系方式等底款

1，点击邮箱，进入邮箱首页。

2，点击左上角的“写信”这一项内容，进入到写信模式中。

3，将要投稿的文章先放在TXT格式中，清除文章的空格和乱码等，再复制粘贴到发送电子邮件的正文中去。根据电子邮件上的编辑模板。

4，在正文中填写自己的名字和联系方式，在邮件“收件人”中填写编辑的额投稿邮箱，在主题中填写主题。一定要按照编辑的而要求填写。例如，有的杂志社要求填写身份证号码，以便发放稿费时用到，则必须要填写。注意联系方式和正文最好不用一个字体，方便编辑审稿。

5，点击电子邮箱文件上方或者下方的“发送”，看到提示“邮件已发送”，表明你的投稿已经成功。

临床预测模型常见投稿期刊

《预测》（双月刊）的投稿方式是电子邮箱投稿，而且其所使用的邮箱是公布在刊物内部封底上的。另外还有编辑部电话、通讯地址等。这些信息在万维书刊网上都有，这是一个具有真实投论文稿的网站。百度就找到了！

仅供参考临床研究这本杂志是由期刊官网的，在官网中可以找到期刊的投稿界面，同时也介绍了投稿这本期刊需要符合的一些要求，包括论文的格式、文件大小、论文图片，甚至包括投稿使用的浏览器等，都有详细介绍，以解决作者在投稿中遇到的各种问题，下面是对这本期刊投稿具体要求的简单介绍。临床研究《临床研究》杂志，由中华人民共和国教育部主管，西安交通大学主办，在国内外公开发行的国家级综合性医学学术期刊。本刊原名为“医药与保健”杂志，创刊于1993年1月，于2015年10月更名为现名《临床研究》。本刊以临床医学及临床教学新经验、医疗新动态、科研新成果为主旨，将其研究成果展示给读者，以促进临床医学发展为办刊宗旨。1.我投稿和查稿时，对我计算机有什么要求?答：关于浏览器：(1)您在审理稿件的时候，优先建议使用google浏览器，您也可以用IE系列浏览器(IE9IE10IE11)、360安全浏览器、 firefox浏览器。(2)如您使用的是搜狗浏览器、腾讯TT浏览器，请先尝试将浏览器切换到极速模式下，在进行操作。(3)如您使用的是safri浏览器，请确保safri浏览器升级到新版本。(4)如您使用的浏览器不是上面提到的浏览器，请尽量更换浏览器后在进行操作。关于网络:您可以使用任何一种方式上网来投稿和查稿. 但是, 根据您电脑所连接的网络带宽不同, 速度也是不同的。因此, 如果您要上传或下载的稿件内容较大, 建议您使用较好的网络环境.2.我投稿时, 应使用什么样的文件格式? 对文件大小有什么限制?答：(1) 本系统本身对一般的文字处理系统文件(Word，WPS，Latex，PDF等)均支持, 但对一些比较危险的文件格式, 如 exe，bat，asp，Jsp，Dll等会进行过滤.但编辑部考虑到文件格式的兼容性, 会要求作者使用特定的格式, 请参见本刊的 《投稿须知》.(2) 关于文件大小: 系统要求您投稿的文件不要超过20M。(3)文中图片文件应排入文中, 这不仅是为上传方便，更为送审方便。如果有多个文件, 建议压缩成一个文件包.3.我注册的信息如何进行保密? 如何修改我的注册信息?答:作者注册时填写的任何信息对所有人都是不公开的, 只有编辑部特定权限的人才可以调阅, 绝对不会泄露.如果作者注册的信息有所变动, 应及时登录本系统, 在 “修改个人信息” 中进行修订。否则, 可能导致编辑部无法与作者取得联系.

《预测》杂志主办：合肥工业大学预测与发展研究所周期：双月出版地：安徽省合肥市语种：中文;开本：大16开ISSN：1003-5192CN：34-1013/N邮发代号：26-46历史沿革：现用刊名：预测创刊时间：1982该刊被以下数据库收录：CSSCI中文社会科学引文索引（2012—2013）来源期刊（含扩展版）核心期刊：中文核心期刊(2011)中文核心期刊(2008)中文核心期刊(1992)