发表论文里的系统发育树

发表论文里的系统发育树

本文具体介绍生物信息学分析中最常用的群体结构展示图形——系统发育树，分为两部分进行说明：系统发育树的基本概念和系统发育树的构建。

第一部分

第二部分

系统发育树（英文：Phylogenetic tree）又称为进化树（Evolutionary tree），是表明被认为具有共同祖先的各物种间进化关系的树。是一种亲缘分支分类方法（Cladogram）。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。

当我们绘制系统发育树时，我们预设了一个关于一组物种（或其他群体）如何从共同祖先进化而来的最佳假设。 这种假设是基于我们已经收集到的，有关一组物种的信息，如物理特征、DNA序列和蛋白序列之类的信息。

在系统发育树中，用于研究的物种或者是其他群体都位于进化枝的末端，如下图所示，A、B、C、D和E为五个物种，都放在了各分支的末端。

系统发育树分支连接的模式，代表我们对树中物种如何从一系列共同祖先进化而来的理解。 每个分支点（也称为内部节点）表示发散事件，也可以理解成将某个组拆分为两个后代组。简单说就是，每个分支点之上的部分都是在从该分支点下所有物种的最近共同祖先。 例如，在产生物种A和B的分支点上，我们可以找到这两个物种的最新共同祖先。 在树根上方的分支点，我们可以找到树中所有物种的共同祖先（物种A，B，C，D和E）。

在系统树中，两个物种的相关性具有非常特殊的含义。 我们先用一种非常简单的方法来找到一组物种的最近共同祖先。 在这种方法中，我们从两个感兴趣的物种的枝末端开始，然后向后走，直到找到物种线会聚的点，所走过的距离可以看成两个物种共同祖先的出现时间，距离越短，共同祖先出现的时间越近，反之亦然。

知道了这个关键法则，我们就可以看出两个物种之间的相关性。如果两个物种的共同祖先较近，则它们的关联性高；如果它们的共同祖先较远，则两个物种的关联性较小。例如，从图上看，我们可以说A和B的关系比B和C的关系更紧密。但是！我们不能判断A和B是否比C和D更紧密相关。这是因为默认情况下，树的水平轴并不直接表示时间。 因此，我们只能比较发生在同一谱系（与树根相同方向的直线）上分支事件的发生时间，而不能比较发生在不同谱系上分支事件的发生时间。

我们可能会看到以多种不同形式绘制的系统发育树，如下图所示：

但是，万变不离其中，上面的三棵树代表物种A，B，C，D和E之间的相同关系是完全相同的。这些看起来不同的树却传递相同的信息，提醒我们，在典型的进化树中有更意义的是分支模式。

进化树的另一个关键是，如果使用任意分支点作为轴旋转树结构，不会改变物种间的关系，如下图所示：

另外，进化树的分支不仅有另个物种并列的形式，还有三个或者更多物种并列的形式（Polytomy），其原因是软件没有足够的信息去确定他们的分支关系，如下图所示。

参考： Phylogenetic trees

1．准备序列文件准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。举例如下）。每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。 核酸序列： >sequence1_name CCTGGCTCAGGATGAACGCT 氨基酸序列： >sequence2_name MQSPINSFKKALAEGRTQIGF 2．多序列比对 打开MEGA5，点击Align，选择Edit/BuildAlignment，选择Createa new alignment，点击OK。要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。也可以：点击Edit，选择Insert Sequence From File，选择序列文件（可多选）。序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。点击按钮 选择Align DNA（如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。点击OK，开始多序列比对。比对完成后，呈现以下状态。这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。截齐之后，保存文件为：filename.mas3． 构建系统进化树 多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。MEGA 5主界面。点击Phylogeny，选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问：是否使用当前激活的数据，选择Yes。这时弹出建树参数设置对话框，更改No. of Bootstrap Replications为1000，其他参数默认即可，点击Compute。 这里解释一下，Construct/Test Maximum Likelihood Tree…（ML）或Construct/Test Neighbor-Joining Tree…（NJ）或Construct/Test Minimum-Evolution Tree…（ME）为三种不同的建树方法，NJ方法最常用。建树完成，效果如下所示。注意，要点击Bootstrap consensus tree查看树形。保存文件为filename.mts(可以用MEGA 5打开)。4． 后期修改 为了美观，也是为了满足发表文章的要求，需要对进化树进行树形、字体、字号的修改。点击View，选择Options。弹出窗口中，在Tree标签中可以修改枝与枝之间的距离（Taxon Separation）、枝长（BranchLength）和树宽（Tree Width），调整至美观即可。Branch标签中，可以选择勾选“Hide values lower than %”，一般隐藏50%以下的数值。其他的参数可以自行研究，一般默认即可。文字字体、字号的修改。 方法1：点击Image，选择Saveas PDF file，保存至filename.pdf。打开软件AdobeIllustrator CS6，文件---打开---选择刚刚保存的PDF文件。修改好之后，文件---导出---可以导出很多种类型的文件。一般选择保存成TIFF（.tif）文件，颜色模式选择RGB，勾选LZW压缩，其他默认。 方法2：点击Image，选择Copyto Clipboard。粘贴到Word中，右击进化树图片，编辑图片。即可更改字体字号。修改好可以了。或者进一步导出图片格式：先将该word文件打印生成PDF文件，再用Adobe Illustrator CS6或Adobe Photoshop CS6导出图片格式。

构建系统发育树需要注意的几个问题 1 相似与同源的区别：只有当序列是从一个祖先进化分歧而来时，它们才是同源的。 2 序列和片段可能会彼此相似，但是有些相似却不是因为进化关系或者生物学功能相近的缘故，序列组成特异或者含有片段重复也许是最明显的例子；再就是非特异性序列相似。 3 系统发育树法：物种间的相似性和差异性可以被用来推断进化关系。 4 自然界中的分类系统是武断的，也就是说，没有一个标准的差异衡量方法来定义种、属、科或者目。 5 枝长可以用来表示类间的真实进化距离。 6 重要的是理解系统发育分析中的计算能力的限制。任何构树的实验目的基本上就是从许多不正确的树中挑选正确的树。 7 没有一种方法能够保证一颗系统发育树一定代表了真实进化途径。然而，有些方法可以检测系统发育树检测的可靠性。第一，如果用不同方法构建树能得到同样的结果，这可以很好的证明该树是可信的；第二，数据可以被重新取样，来检测他们统计上的重要性。 分子进化研究的基本方法对于进化研究，主要通过构建系统发育过程有助于通过物种间隐含的种系关系揭示进化动力的实质。 表型的(phenetic)和遗传的(cladistic)数据有着明显差异。Sneath和Sokal(1973)将表型性关系定义为根据物体一组表型性状所获得的相似性，而遗传性关系含有祖先的信息，因而可用于研究进化的途径。这两种关系可用于系统进化树(phylogenetictree)或树状图(dendrogram)来表示。表型分枝图(phenogram)和进化分枝图(cladogram)两个术语已用于表示分别根据表型性的和遗传性的关系所建立的关系树。进化分枝图可以显示事件或类群间的进化时间，而表型分枝图则不需要时间概念。文献中，更多地是使用“系统进化树”一词来表示进化的途径，另外还有系统发育树、物种树(speciestree)、基因树等等一些相同或含义略有差异的名称. 系统进化树分有根(rooted)和无根(unrooted)树。有根树反映了树上物种或基因的时间顺序，而无根树只反映分类单元之间的距离而不涉及谁是谁的祖先问题。用于构建系统进化树的数据有二种类型：一种是特征数据(characterdata)，它提供了基因、个体、群体或物种的信息；二是距离数据(distancedata)或相似性数据(similaritydata)，它涉及的则是成对基因、个体、群体或物种的信息。距离数据可由特征数据计算获得，但反过来则不行。这些数据可以矩阵的形式表达。距离矩阵(distancematrix)是在计算得到的距离数据基础上获得的，距离的计算总体上是要依据一定的遗传模型，并能够表示出两个分类单位间的变化量。系统进化树的构建质量依赖于距离估算的准确性。

教育系统的论文发表在哪里

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正规杂志就好，直接投稿给杂志比较好，尽力帮你

1.发表论文的过程投稿-审稿-用稿通知-办理相关费用-出刊-邮递样刊一般作者先了解期刊，选定期刊后，找到投稿方式，部分期刊要求书面形式投稿。大部分是采用电子稿件形式。2. 发表论文审核时间一般普通刊物（省级、国家级）审核时间为一周，高质量的 杂志 ，审核 时间 为14-20天。核心期刊审核时间一般为4个月，须经过初审、复审、终审三道程序。3. 发表论文有效问题国家规定，必须发表在正规的CN期刊正刊上

第一、写论文、第二、找期刊（职业教育、教育进展）、第三、找有这个期刊的出版社、第四、联系出版社的工作人员进行投稿

教育系统里如何发表论文

您说的发表是在网络上的发表还是现实中的发表

老师们你们很难找到网上关于教师论文的写法，今天给你带来了一点教师论文发表的建议。第一步：看到学校图书馆，翻看所有的杂志，找出教师可能发表论文的刊物并分类：分类刊物“教学”类：如《中学政治教学参考》、《思想政治课教学》等;“教育”类：如《人民教育》、《辽宁教育》等;“考试”类：如《中国考试》、《考试》(文科版、理科版)等;“班主任”类：如《班主任》、《班主任之友》等;“管理”类：如《中小学管理》、《教学与管理》等;“教师”类：如《中国教师》、《教师博览》等;“研究”类：如《教育科研》、《中小学教育教学研究》、《教育研究与实验》等;第二步：选第一，选刊物教师要发表论文的刊物主要是两大类，一类是有关教学的，另一类是有关教育的。第二，选栏目在选定刊物后重点研究其栏目，明确栏目的定位、风格等，并且精读栏目下的文章，了解其发表文章的特点、水准等。第三，选题材在此基础上确定自己撰写论文的题材方向。高中政治老师可在以下几个方面多做文章。如：时政解析、热点话题、教法研究、学法指导、教材研究、考试研究、教学素材、案例反思、教师成长、教育科研等。第三步：搜确定自己的写作意向后，或在撰写的过程中，最迟成文后投稿前，务必要做到三“搜”。即：搜索相关的报刊、网络和书籍。搜的目的：一是为了了解相关内容的发表情况，例如，你有一个获奖优质课的教学设计想投稿某杂志，一搜发现，相同的课题该刊物近期已发表了一篇，那你只能“另投明主”了。二是为了爬上巨人的肩膀，提高文章的质量，但绝不能抄袭。第四步：写有的老师在教育教学实践中，撰写了很多论文，但最终能发表的只是其中的三、四分之一而已。总结近年来所发表论文的共同特点，我悟出优秀论文必须具备的八大特征和十大要素：优秀论文的八大特征：针对性、典型性、代表性、指导性、时效性、学术性、可读性、实用性。优秀论文的十大要素：角度小巧、题目精当、观点正确、素材鲜活、结构严谨、语言考究、杜绝抄袭、切忌雷同、控制篇幅、版面漂亮。第五步：改文章写好后，要全面修改，反复推敲，字斟句酌。具体过程：首先要自己改，特别是他人改。经验：修改论文是我们政治教研组集备的一项重要内容。第六步：投投稿时要注意：第一，投稿方式：可以打印邮寄，也可以电子邮件。根据杂志的要求即可。第二，选择真伪：一定要有刊号，国际标准刊号：ISSN;国内标准刊号：CN 。第三，刊物级别：国家级、省级、地市级等。鉴别方法：先看封面：如《中学政治教学参考》是全国中文核心期刊、《思想政治课教学》是全国教育核心期刊;再参考主管部门、主办单位的级别。第四，特别注意：增刊、副刊、专刊、特刊、论文集、成果汇编等与期刊是有区别的。第七步：等等待时间《中华人民共和国著作权法》规定：著作权人向报社、期刊社投稿的，自稿件发出之日起十五日内未收到报社通知决定刊登的，或者自稿件发出之日起三十日内未收到期刊社通知决定刊登的，可以将同一作品向其他报社、期刊社投稿。双方另有约定的除外。(杂志社的征稿启示要约另投时间一般为3个月)第八步：续未发表文章的后续分类处理：第一类：放弃那些质量差的或时效性强的，没有发表可能或错过发表机会的。第二类：再改。特别要虚心求教，请人帮忙。第三类：择机。选择再投时机，如考前预测、考后评析等，时间不能错位，投稿要有提前量。第四类：换投。不同刊物风格定位不同。未发表不一定是文章不好，可能是投稿方向不对。如果是这样，要时刻留意，寻找合适的投稿对象。如，在我发表的文章中，有成文四年才发表的，还有成文八年才发表的。温馨提示：坚持写，不放弃。勤投稿，多发表。

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教育系统发表论文

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1、《教师教育研究》创刊于1989年，为双月刊，由中华人民共和国教育部主管，北京师范大学、华东师范大学、教育部高等学校师资培训交流北京中心联合主办的全国性教育科学学术刊物。

主要栏目有新时期教师教育体系的建构、资格制度与教师专业化、继续教育与职业发展、课程标准与教材建设、教学改革与探索、教育现代化与信息化、政策法规、调查研究等。

2、《中国教育学刊》(月刊)创刊于1980年，是由中国教育学会主办的学术期刊。以马列主义、毛泽东思想和邓小平理论为指导，坚持正确的办刊方向和舆论导向，贯彻“双百”方针。

3、《教育与职业》杂志创刊于1917年，半月刊，由中共中央统战部主管，中华职业教育社主办，是职业教育类学术期刊。

4、《教育科学》创刊于1985年，是由辽宁省教育厅主管、辽宁师范大学主办的教育理论刊物。主要有教育理论研究、课程与教学、教师教育、高教研究、心理健康理论研究、网络教育等栏目。

5、《基础教育》创刊于1978年，是由中华人民共和国教育部主管、华东师范大学主办、华东师范大学基础教育改革与发展研究所承办的在中国国内外公开发行的教育类学术期刊。

一、教师想要发表论文一般有2种方式: 1、直接向杂志社投稿, 2、通过论文代理或期刊采编中心投稿。 ( 这两种方式,费用方面基本差不多,都是社里统一定的价格。) 二、论文发表的过程基本: 投稿→审核→答复通过(不通过)→办理版面费(修改稿件或换文章)→安排版面→出刊→邮递样刊。

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